有些微生物当遇到冷冻或干燥等处理时，会很快死亡，因此在这种情况下，只能求助于传代培养保存法。传代培养就是要定期地进行菌种转接、培养后再保存，它是最基本的微生物保存法，例如酸奶等常用生产菌种的保存。传代保存时，培养基的浓度不宜过高，营养成分不宜过于丰富，尤其是碳水化合物的浓度应在可能的范围内尽量降低。培养温度通常以稍低于最适生长温度为好。若为产酸菌种，则应在培养基中添加少量碳酸钙。
一般地，大多数菌种的保藏温度以5℃为好，像厌氧菌、霍乱弧菌及部分病原真菌等微生物菌种则可以使用37℃进行保存，而蕈类等大型食用菌的菌种则可以室温直接保存。传代培养保存法虽然简便，但其缺点也很明显，如：
①菌种管棉塞经常容易发霉;
②菌株的遗传性状容易发生变异;
③反复传代时，菌株的病原性、形成生理活性物质的能力以及形成孢子的能力等均有降低;
④需要定期转种，工作量大;
⑤杂菌的污染机会较多。
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