1、污水指标浓度：如果处理的是生活污水，对菌种的选择没有太多需要考虑的因素，这里主要说一下工业废水，工业污水的污水浓度相对来说比较高，工业废水所含COD指标高，水的生化性也不好，投加量会稍微多一些。
2、低可生化性废水：工业废水中所含的氨氮指标也是非常高的，有些设备前端会有预处理设备，可以缓解一下生化池的处理负荷，但是工业废水的生化性很多都是低于0.3的指标，对污水处理菌种的选择就很重要了。
3、菌落数：所选择的菌种需要考虑所含的有效菌落数。
4、适应性能的强弱：菌种投加下去不是立马就能达标的，需要一定的时间繁殖生长，工业废水里面含有无机物质或者惰性物质和有毒物质，对细菌的生长本身都有抑制作用。所以在菌种投加前需要对污水进行预处理，为保证后期为菌种提供一个合适的生存环境。
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